2025년 세법개정 후속 시행령, 국제조세 분야 핵심 개정 사항과 기업 시사점

목차

• 핵심 쟁점 1: 글로벌 최저한세 (Pillar 2) 데이터 확보 및 기준 명확화
• 핵심 쟁점 2: 이전가격 세제 합리화와 납세자 권익의 균형
• 핵심 쟁점 3: 국제 투자 관련 세액공제 및 신고 의무 디테일 강화
• 법무법인 세종의 실무적 시사점과 기업의 즉각적인 대응 전략
• 국제조세 환경 변화에 대한 지속적인 모니터링만이 답이다
• 자주 묻는 질문 (FAQ)

작년 말 세법이 개정된 후, 늘 그렇듯이 가장 중요한 작업은 그 법을 구체적으로 실행할 후속 시행령이 어떤 디테일을 담고 있느냐 하는 점입니다.

특히 국제조세 분야는 국내 기업 활동을 넘어 글로벌 시장에서의 생존 방식과 직결되기에, 2026년 1월 중순에 발표된 이 시행령 개정안은 다국적 기업의 세무팀에게는 마치 한겨울 새벽에 맞닥뜨린 빙판길 같은 긴장감을 주었을 거예요.

단순히 법을 고치는 문제가 아니죠.

기업의 회계 시스템, 자금 운용, 심지어 M&A 전략까지도 이 2025년 세법개정 후속 시행령의 미세한 변화에 따라 완전히 뒤바뀔 수 있는 지침이니까요.

저희는 이 전문적인 가이드를 통해 국제 거래를 수행하는 기업의 실무자들이 2월 시행 전에 무엇을 점검하고 어떤 태세를 갖춰야 하는지, 법무법인 세종의 시각으로 날카롭게 짚어보고자 합니다.

이 글은 전문가들을 위한 심층 분석이라는 점을 명확히 하고 시작해 볼게요.

핵심 쟁점 1: 글로벌 최저한세 (Pillar 2) 데이터 확보 및 기준 명확화

이번 국제조세 분야 시행령 개정안에서 가장 실무적인 부담을 안겨주는 부분은 단연 글로벌 최저한세에 대한 세부 규정 보완입니다.

글로벌 최저한세 도입은 이미 기정사실이지만, 중요한 건 ‘어떻게 적용할 것인가’였어요.

연결매출액 산정 기준의 구체화

시행령은 연결재무제표상 연결매출액 기준을 산정하는 방식에 디테일을 더했는데, 특히 합병이나 분할 같은 구조 조정이 발생했을 때의 매출액 산정 기준을 명확히 했습니다.

솔직히 말씀드리면, 다국적 기업의 구조 변화는 워낙 복잡해서 그동안 규정이 모호하다는 지적이 많았어요.

정부는 이번 시행령을 통해 이 불확실성을 최대한 걷어내고, 기업들이 어설픈 회계 조작으로 적용 기준을 회피하려는 가능성을 사전에 차단하고자 집중했다는 느낌입니다.

데이터 수집 시스템에 대한 강력한 시그널

또 하나 놓치면 안 되는 건 정보 제출 및 계산 방식의 구체화예요.

조세당국에 제출해야 하는 보고서 양식과 글로벌 최저한세의 구체적인 계산 절차가 드디어 명확해졌습니다.

이는 곧 기업들이 2026년 2월 시행 전에 관련 데이터를 완벽하게 수집하고 계산할 수 있는 내부 시스템을 갖춰야 한다는 강력한 시그널이죠. 선제적으로 시스템을 감사하지 않으면 시행 직후부터 큰 혼란을 겪을 수밖에 없어요.

핵심 쟁점 2: 이전가격 세제 합리화와 납세자 권익의 균형

경정청구 절차의 합리화

두 번째 주요 변화는 이전가격 세제와 관련된 부분입니다.

국외특수관계인과의 거래에서 정상가격 조정이 발생했을 때, 국내외에서 이중과세가 발생하는 문제를 해소하기 위한 경정청구 절차가 훨씬 합리화되었어요.

이전에는 경정청구 시점이나 절차가 다소 복잡했는데, 이번 개정은 납세자의 불확실성을 크게 줄여 행정 편의를 높이겠다는 명확한 의도를 보여줍니다.

세무조사 기조와 납세자 보호의 균형

이런 변화가 일어난 진짜 배경은 무엇일까요?

저는 정부가 국제 거래에 대한 세무조사를 강화하는 기조를 유지하면서도, 납세자의 정당한 권익 보호와 조세 행정의 효율성이라는 두 마리 토끼를 잡으려 노력하는 것으로 해석해요.

납세자 보호관의 세무조사 참관 규정이 확대된 것 역시 이러한 균형점을 찾으려는 움직임의 연장선입니다.

이전가격 세제 관련 실무자들은 이제 경정청구 가능 시점을 명확히 인지하고, 혹시 모를 조정에 대비하여 내부 이전가격 문서화 작업을 더욱 완벽하게 재정비해야 할 때입니다.

핵심 쟁점 3: 국제 투자 관련 세액공제 및 신고 의무 디테일 강화

외국납부세액공제의 명확화

마지막으로 눈여겨볼 부분은 일반 투자자들에게도 영향을 미칠 수 있는 국제 투자 관련 세제 변화입니다.

개인이 해외 펀드 등 간접투자를 통해 소득을 얻었을 때 적용하는 외국납부세액공제의 계산 방식이 구체화되었어요.

이전에는 복잡했던 공제 대상과 한도액 계산에 대해 명확한 기준이 제시된 거죠.

개인 투자자 입장에서는 반가운 소식일 수 있지만, 그만큼 세무 담당자들은 해외 간접투자에 대한 소득 자료를 더욱 정밀하게 관리해야 할 의무가 생겼습니다.

국제 조세 투명성 강화

또한, 해외금융계좌 신고 의무자의 범위 및 기준 금액 조정(만약 있다면)과 미신고 시 과태료 산정 기준의 구체화 역시 국제 조세 투명성을 높이기 위한 지속적인 노력의 일환으로 보입니다.

국제조세 분야에서 투명성과 컴플라이언스 기준이 높아지고 있다는 것을 명심해야 합니다.

법무법인 세종의 실무적 시사점과 기업의 즉각적인 대응 전략

이번 2025년 세법개정 후속 시행령은 단순히 법의 뼈대에 살을 붙이는 작업을 넘어, 기업의 국제 조세 포지션을 완전히 새롭게 정립하도록 요구하고 있습니다.

즉각적인 시스템 감사와 데이터 확보

가장 중요한 실무적 시사점은 바로 ‘데이터’입니다.

• 글로벌 최저한세 시행에 맞춰 복잡한 연결매출액 기준과 계산 로직을 2월 시행 이전에 내부 시스템에 선제적으로 반영하는 시스템 감사가 필수적입니다.
• 이 시스템이 제대로 작동하지 않으면 막대한 가산세 폭탄을 맞을 수 있습니다.

이전가격 문서화의 완벽성 요구

또한, 경정청구 합리화는 좋은 소식이지만, 이는 기업들이 더욱 완벽한 이전가격 세제 관련 문서화 및 증빙 자료를 갖추고 있어야 한다는 전제가 붙어요.

조정 가능성이 있는 거래에 대해서는 미리 내부 검토를 완료해야 합니다.

결국, 복잡성이 극도로 증가하는 국제조세 분야에서는 법무법인 세종과 같은 전문적인 자문 그룹을 활용하여 법적 리스크를 최소화하는 것이 가장 현명한 대응 전략이라고 저는 단언합니다.

국제조세 환경 변화에 대한 지속적인 모니터링만이 답이다

이번 시행령 개정안은 다국적 기업에게 새로운 컴플라이언스 시대를 알리는 강력한 신호탄이 분명해요.

글로벌 최저한세부터 이전가격, 외국납부세액공제에 이르기까지 모든 규정이 더욱 정교하고 치밀하게 짜여지고 있네요.

이러한 변화는 단순한 법규정 변경을 넘어, 국제 거래 기업의 의사 결정 과정에 깊숙이 침투하는 지침입니다.

국제 조세 개혁은 여기서 멈추지 않고 앞으로도 예규와 행정 해석을 통해 끊임없이 진화할 거예요.

따라서 기업들은 이번 개정 내용을 완벽히 숙지하는 것에 그치지 않고, 국제 조세 환경 변화에 대한 지속적인 모니터링 체계를 구축해야만 생존할 수 있습니다.

이 글이 여러분의 성공적인 세무 대응에 꼭 필요한 실무적 시사점을 제공했기를 바라며 마무리합니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q: 글로벌 최저한세 시행을 위해 기업이 가장 먼저 해야 할 조치는 무엇인가요?

A: 2026년 2월 시행 전에 요구되는 복잡한 데이터 항목(연결매출액, 계산 로직)을 수집하고 계산할 수 있도록 내부 회계 시스템에 대한 선제적인 감사 및 업데이트를 완료해야 합니다. 데이터 확보의 정확성이 가장 중요합니다.

Q: 이전가격 경정청구 절차 합리화가 납세자에게 어떤 이점을 주나요?

A: 이전가격 조정으로 인해 국제적 이중과세 문제가 발생했을 때, 이를 해소하기 위한 경정청구 가능 시점과 절차가 명확해져 납세자의 불확실성이 감소하고 행정 편의가 높아집니다.

Q: 외국납부세액공제 기준이 구체화된 배경은 무엇인가요?

A: 해외 간접투자가 늘어남에 따라 복잡해진 공제 대상과 한도액 계산에 명확한 기준을 제시함으로써 조세 투명성을 높이고, 세무 당국의 관리 효율성을 개선하기 위함입니다.

(글로벌 최저한세 대상 여부 확인을 위한 가상의 코드 예시)

if ($ecl_revenue >= 750000000) {
    // 글로벌 최저한세 적용 대상
    calculate_pillar2_tax();
} else {
    // 일반 조세 체제 유지
    exit;
}

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